Českou republikou procházejí hranice povodí významných evropských řek Labe, Odry a Dunaje. Území je proto rozděleno podle odtoku vod do příslušných moří: Severního, Baltského a Černého moře. Rozvodnice mezi povodími Labe, Odry a Dunaje se setkávají v jediném bodě. Tento hydrograficky významný bod leží na vrchu Klepý (1 144 m n. m.) v pohoří Králického Sněžníku.
Páteřními toky jsou Labe s Vltavou v Čechách, Morava s Dyjí na jižní Moravě a Odra s Opavou na severu Moravy a ve Slezsku.
V České republice platí systém tzv. sdílených kompetencí, což v praxi znamená, že působnost ústředního správního orgánu je sdílená pěti ministerstvy a jedním z nich je Ministerstvo zemědělství. Správou významných vodních toků a vodních děl na nich vybudovaných jsou pověřeny státní podniky Povodí (Povodí Vltavy, Povodí Ohře, Povodí Labe, Povodí Odry a Povodí Moravy). Rozhodujícími správci drobných vodních toků jsou Zemědělská vodohospodářská správa a Lesy ČR, státní podnik. Celkově tak tyto subjekty v působnosti Ministerstva zemědělství zajišťují správu asi 94 % délky vodních toků v ČR. Přibližně 6 % se na správě vodních toků podílejí obce, újezdní úřady vojenských újezdů a správy národních parků.
Vodní hospodářství je v České republice významným oborem s dlouholetou tradicí. Mezi nejdůležitější úkoly vodního hospodářství patří zajištění zásobování obyvatelstva pitnou vodou a zmírnění důsledků extrémních jevů počasí (povodně, sucho). V roce 2008 bylo v ČR zásobováno z vodovodů 9,664 mil. obyvatel, tj. asi 93 % z celkového počtu obyvatel. Díky stále stoupajícímu podílu čištění odpadních vod, které v ČR činí 95,3 %, dochází k významnému zlepšení kvality povrchových vod.
Plánování v oblasti vod slouží pro optimální využití vodních zdrojů pro budoucí generace a je nedílnou součástí státní vodohospodářské politiky.